TerraGearで使用するシェープファイルが全世界で一括ダウンロードしかできなくなっているので、日本部分のみQGISで抜き出しました。こちらのサイト（【QGIS】必要な部分だけクリップする。（クリップの使い方））を参考にlandmassを基準のクリップレイヤにして切り取っていきました。landmassが島単位/地方単位で区切られているので、QGISの編集ツールを利用して使いたい部分以外の他の地方や島を消したり(参考)、逆に選択地物のみを選び出して新規にシェープファイルを作れば(参考)、処理時間はより短くなるかと思います。